Выходец из старинного, но опального рода бояр.
Прадед - М. Б. Шеин командовал русскими войсками во время Смоленской войны 1632—1634 гг.
В 1672 г. начал службу стольником у Алексея Михайловича.
Принимал участие в различных придворных церемониях: наряжал вина, "смотрел в государев стол", стоял в рындах (охрана) при приёмах послов, сопровождал царя в его загородных поездках.
В 1671 г. присутствовал на свадьбе царя Алексея Михайловича с Натальей Кирилловной Нарышкиной.
В 1676 г. на похоронах государя нёс его тело.
В 1680 - 1682 гг. служил воеводой в Тобольске.
В 1682 г. род Шеиных реабилитирован.
После возвращения из Тобольска ему возвращён титул боярина.
В 1682 г. во время коронации царевичей Ивана и Петра Алексеевичей нёс царскую шапку.
При подготовке к Крымской компании назначен совместно с П. В. Шереметевым воеводой в Курск.
С 23 мая 1683 по 1685 гг. - воевода в Курске.
По поручению царевны Софьи и кн. Голицына размещал в Курске сосланных стрельцов и их семьи.
В 1684 г. готовил Курскую крепость и др. пограничные крепости южного порубежья к войне с Османской империей и Крымским ханством.
В том же году черкасский сотник Харьковского полка Иван Демьянов сын Смороцкий сообщил в московский приказ о находке скелета "волота" (великана) в урочище Песочный Колодец близ Ольшанки (ныне. Харьковская область).
Шеину велено "Послать по весне в те места из Курска кого пригоже" и "тому посыльному велеть того человека ноги откопать, а откопав, кости измерить, какова которая кость мерою в длину и в толщину и написать на роспись и на чертеж начертить. Да о том и нам, Великим Государям (Ивану и Петру), писать".
Воевода послал сына боярского М. Н. Анненкова расследовать обстоятельства находки.
В 1686 г., готовясь к Крымскому походу (первому) А.С. Шеин собирает в Коломне служилых людей из городов, Коломны, Рязани, Путивля и Каширы.
В 1687 и 1689 гг. в Крымских походах имел под началом войска Новгородского разряда.
В 1693 г. сопровождал царя Петра I в Архангельск.
В 1695 г. в первом Азовском походе был одним из трёх главных воевод-главнокомандующих.
Сам царь состоял под его командой в звании капитана Преображенского полка.
По инициативе А.С. Шеина в Воронеже начато строительство кораблей первого русского флота, благодаря которым одержана победа над турецкими войсками во Втором Азовском походе в 1696 г. В этом походе А.С. Шеин формально являлся главнокомандующим всеми сухопутными войсками, но фактически осадой Азова руководил сам Пётр I, а также его ближайшие советники - П. Гордон, Ф. Лефорт, Ф. А. Головин.
Именно А.С. Шеин, при сдаче Азова её комендантом, принял крепость, а при триумфальном въезде в Москву занял первое место в торжественной церемонии.
28 июня 1696 г. за успехи во втором Азовском походе А.С. Шеин получил от государя награды, в т. ч. звание ближнего боярина, наместника псковского, звание генералиссимуса русских войск и золотой кубок.
В 1697 - 1698 гг., в период отъезда Петра I с "Великим посольством" за границу, А.С. Шеин оставлен главнокомандующим русской армией, а также получил в заведование Пушкарский, Иноземный и Рейтарский приказы.
Тогда же он успешно оборонял Азов от крымцев, турок, калмыков, строил г. Таганрог.
В 1698 г. усмирял восставшие стрелецкие полки, выступившие на Москву.
После безрезультатных переговоров с мятежниками разбил их наголову близ Воскресенского монастыря на р. Истра.
После подавления стрелецкого бунта вёл следствие над его участниками.
В конце 1690-х гг. А.С. Шеин вызвал сильный гнев Петра I, узнавшего, что он осуществлял производство в офицеры за деньги и брал взятки со своих подчинённых.
Однако А.С. Шеин сумел избежать открытой опалы, и царь лично присутствовал на его похоронах.
Похоронен в Троице-Сергиевой лавре.
12 июля 2009 г. в г. Азов открыт памятник А.С. Шеину работы московских скульпторов В. Мокроусова и М. Лушникова.
Ист.:
Замятнин С. Н. Первая русская инструкция для раскопок (Находка костей "волота" в 1679 г.) // СА. Т. XIII. М., 1950;
Сахновский Н. Н. Первый отечественный генералиссимус//ВИ. 1987. № 7;
Теменко Н. В. О генералиссимусе Шеине // ВИ. 1988. № 5.