Родился в с. Дерюгино Дмитриевского уезда Курской губернии (ныне Дмитриевского района Курской области).
Учился в Курской мужской классической гимназии.
В 1891 г. окончил медицинский факультет Московского государственного университета (МГУ).
В 1894 г. защитил докторскую диссертацию на тему "О волосах в судебно-медицинском отношении" — приват-доцент. Работает судмедэкспертом.
В 1901 г. — ординарный профессор, заведующий кафедрой судебной медицины и одновременно (с 1909) проректор Московского университета.
В 1911 г. подаёт в отставку в знак протеста против реакционной политики министра просвещения Л.А. Кассо.
Выйдя в отставку, организовал и возглавил кафедру судебной медицины на Московских высших женских курсах (в дальнейшем 2-й МГУ), где состоял профессором, преподавал дисциплину "Судебная медицина". Дополнительно читал лекции в университете им. Шанявского и на высших юридических курсах.
Заботами П.А. Минакова появился при высших женских курсах институт судебной медицины с моргом.
В 1917 г. возвратился на кафедру Московского университета, которой заведовал до 1931 г.
В 1922-1930 гг. — Действительный член НИИ антропологии при физико-математическом факультете.
С 1923 г. - председатель Антропологического общества при МГУ и Московского общества судебных медиков.
Скончался и похоронен в Москве.
П.А. Минаков открыл нейтральный гематин и его спектр, впервые описал субэндокардиальные экхимозы ("пятна Минакова") при смерти от острой кровопотери.
Является автором классического исследования о судебно-медицинском значении волос и о сравнительном строении волос у человека и у некоторых животных.
В 1924 г. предложил оригинальный способ сохранения трупов и их бальзамирования. Принимал участие в бальзамировании тела. В.И. Ленина.
П.А. Минаков — автор ряда работ по теоретической механике.
Соч.:
О патологоанатомических изменениях при отравлении йодоформом ("Медицинское Обозрение", 1892); Elephantiasis (Москва, 1893);
О волосах в судебно-медицинском отношении (диссертация, Москва, 1894);
Ueber die Veranderung der Haare durch die Hitze (Vierteljahrsschrift fur gerichtl. Medicin, 1896);
Новые данные по исследованию волос из древних могил и от мумий (Труды Антропологического Отделения Общества Любителей Естествознания, т. XIX, 1897);
Ненормальная волосатость (там же);
О цвете волос у древнего населения центральной России (там же);
Ueber die Nagel der Menschenhand (Vierteijahrsschrift fur gerichtl. Medicin, 1900);
Волосы в антропологическом отношении (Русский Антропологический Журнал, 1900, 1);
Значение антропологии в медицине (ib., 1902, кн. 1);
О поседении волос (Русский Антропологический Журнал, 1903, № 2);
Судебно-медицинская экспертиза по делу Бейлиса (Русские Ведомости, 1913, № 238 и 239);
Консервирование (бальзамирование) и мумификация трупов (Русский антропологический журнал, 1924, т. 13, вып. 3 - 4).
Ист:
Советский энциклопедический словарь. – М., 1987.
Вронская Д. Кто есть кто в России и бывшем СССР / Д. Вронская, В. Чугуев. – М., 1994.