Во время гражданской войны в России эмигрировал в Чехословакию.
Позднее переехал в Литву.
Профессор истории в Ковнинском и Юрьевском университетах (ныне Каунасский университет, Литва, и Тартусский университет, Эстония).
Основные труды И.И. Лаппо выполнены в период 1901-1934 гг. и опубликованы в Литве и в Эстонии на русском и литовском языках.
Исследования И.И. Лаппо относятся к истории Великого княжества Литовского, в т. ч. к истории Курского края, входившего в те годы в состав Литовского княжества.
Скончался и похоронен в Дрездене (Германия).