Родился в Казацкой слободе Старооскольского уезда Курской губернии в дворянской семье.
Детство провёл в Прохоровке — родовом имении матери.
Учился в Курской гимназии, которую окончил с золотой медалью.
В 1907-1910 гг. - студент историко-филологического факультета Харьковского университета.
В 1911–1914 гг. продолжает обучение на философском отделении Гейдельбергского и историческом Лейпцигского университетов.
В 1914 г. поступил в университет св. Владимира в Киеве, но вскоре исключён за принадлежность к Российской социал-демократической рабочей партии, арестован и содержался под следствием в курской и белгородской тюрьмах.
В 1915 г. освобождён, вернулся в Харьков, где продолжил учёбу в университете.
В 1917 г. по предложению проф. М.В. Клочкова оставлен при кафедре русской истории.
В этом же году поступает в Виленское пехотное училище — юнкер.
В 1918 г. после расформирования училища, возвращается в Прохоровку и готовится к магистерским экзаменам в Харьковском университете.
В июне 1919 г. вступает в Добровольческую армию генерала Деникина. Участвует в боях с Красной Армией. Был тяжело ранен.
После излечения служил на бронепоезде.
В ноябре 1920 г. эвакуировался из Крыма с остатками армии барона Врангеля в Турцию.
В конце 1921 г. перебирается в Прагу, где на стипендию Русской учебной коллегии занимается научной работой. Под руководством проф. И.И. Лаппо завершил подготовку к магистерским экзаменам и получил звание приват-доцента.
В 1924–1941 гг. преподавал в Русском свободном университете в Праге. Был научным сотрудником, Чешской Академии наук, Русской учебной коллегии, Чешского славянского института, Русского заграничного исторического архива в Праге, Русского исторического общества в эммиграции.
Вторую мировую войну 1941-1945 гг. пережил в столице Чехии.
Весной 1945 г. Пушкарёв с женой и сыном, перешли в американскую зону оккупации и оказались в лагере для перемещённых лиц. Там он работает директором и преподавателем школы для русских детей.
В 1949 г. семья Пушкарёвых приезжает в США, в г. Нью-Хейвен.
В 1950-1972 гг. Пушкарёв работает преподавателем русского языка и заведующим русским отделом библиотеки Йельского университета.
С 1972 г. в отставке.
Консультировал известного русского писателя А.И. Солженицына во время работы над произведением, "Красное колесо".
Вместе историком-эмигрантом — Г.В. Вернадским основывает в США школу историков-русистов. Член Американской ассоциации историков, Американской ассоциации развития славяноведения.
Скончался и похоронен в Америке.
Пушкарёв автор ряда работ (около 170): по истории, русского крестьянства, общины, города-государства, Псков; о социально-классовых основах Московского царства; о Донском казачестве и его взаимоотношениях с Москвой; о значении церкви в истории России; о роли В.И. Ленина и характере Октябрьского переворота; Советская Россия и Запад и др.
В работах, посвящённых средневековью и началу Нового времени в России, есть описание Курского края и его обитателей.
В 1953 г. труды переизданны на английском языке.
Пушкарёв — составитель хрестоматии по отечественной истории и уникального словаря исторических терминов, до сих пор (2009), остающихся единственными.
В 1990-е гг. работы Пушкарёва стали издаваться в России.
В 1999 г. издательство «Посев» в серии «Библиотечка россиеведения» вышли в свет «Воспоминания историка» С.Г. Пушкарёва, охватывающие все основные этапы его жизни в России (включая колоритные курские страницы) и за границей.
С. П. Щавелёв
Ист.:
В. Т. Пашуто. Русские историки — эмигранты в Европе. М., 1991;
Г. В. Вернадский. Русская историография. М., 1998 С. 341 – 347;
В. В. Потапов. Историк русского зарубежья: Сергей Пушкарёв//Курский край. 2003. № 9 – 10 (41 – 42);
М. Лагутич. "Курский край". № 3 (136)/2012