Родился в интеллигентной семье.
Учился в Демидовском юридическом лицее.
В 1901 г. вступил в РСДРП, где примкнул к большевикам.
В 1917 г. член Петроградского комитета РСДРП (б), редактор большевистских газет, делегат 6-го съезда РСДРП(б).
Во время Октябрьского переворота ( Октябрьская революция 1917 г.) — член Петроградского военно-революционного комитета, командующий Петроградский военным округом.
В период Гражданской войны в России на руководящих военных постах.
Трижды приезжал в Курск для укрепления Советской власти в Курской губернии.
В конце апреля 1918 г. прибывший из Москвы отряд под командованием члена Высшего военного совета, председателя Высшей военной инспекции РККА Подвойского ликвидировал анархистский мятеж в Курске, после чего принимал участие в первомайской демонстрации.
В июле 1918 г. во главе комиссии РККА инспектировал ход формирования воинских частей Красной Армии в Курске, выступал на митинге в Первомайском саду с информацией о ликвидации левоэсеровского мятежа в Москве.
С 1919 г. — народный комиссар по военно-морским делам Украины.
После Гражданской войны на партийной и советской работе.
5 ноября 1918 г. в память о Подвойско названа улица в Курске.
Ист: Сказание о Гражданской. (Составл. и коммент. С.Н. Семанова.) Изд. "Современник". 1987.